Cengiz Kağan seferleri sırasında diğer krallıklara çoğunlukla barışçıl bir şekilde Moğol egemenliğini kabul etme fırsatı sundu ancak direnenlerin hiçbirine acımadı. Örneğin 1219 yılında Harezmi İmpratorluğu Moğollarla yaptıkları bir anlaşmayı bozdu. Cengiz Kağan ortaya çıkan sorunu çözmek için Harezmi Şahı'na İpek Yolu'ndaki malların ticaretinin düzenlenmesi ve kontrolüyle ilgili kıymetli bir ticaret anlaşması önerdi. Harezmi Şahı ise cevap olarak kendisine bu teklifle gelen elçileri öldürdü. Cengiz Kağan'ın bu harekete cevabı sert oldu. Bütün ordusunu toplayarak Harezmi İmparatorluğu'na sefere çıktı. Sonuçta Harezmi İmparatorluğu bütünüyle çöktü, fakat Cengiz Kağan bununla da yetinmedi. Savaş sırasında kendisine asker göndermeyen vasallarından Tankut Devleti'ne karşı da bir sefer düzenleyerek, başkentlerini ele geçirdi ve Tankut Kraliyet ailesinin tamamını katletti.

Tarihçiler açısından büyük tartışma konularından biri de Cengiz Kağan döneminde Moğolların gerçekten kaç kişi öldürdüğü. Bir çok tarihçi bu rakamın yaklaşık 40 milyon olduğunu ifade ediyor. Tarihi kayıtlarda Cengiz Kağan zamanında Çin nüfusunun onlarca milyon insan düştüğü gözüküyor. Harezmi İmparatorluğu'na yaptığı seferde ise imparatorluk nüfusunun dörtte üçü hayatını kaybetti. Toplamda ise Moğol saldırılarının dünya nüfusunun yüzde 11'ini öldürdüğü kabul ediliyor. Bugün aynı orana ulaşmak için yaklaşık 770 milyon insan öldürmek gerekiyor.

Kendi dönemindeki bir çok imparatorluğun aksine Cengiz Kağan din konusunda özgürlükçü bir insandı. Herkesin din ve vicdan özgürlüğünü koruyan yasalar çıkartmanın yanı sıra, ibadet yerlerine de vergi istisnası getirtti. Kağan'ın bu politikasının bir sebebi belki kendi halkını mutlu tutmasının toplumların isyan etmesini engelleyeceğini düşünmesi ise, diğer sebebi Moğol toplumunun her zaman din konusunda aşırı derecede liberal olmasıdır. Her ne kadar Cengiz Kağan şaman inancına sahip olsa da, etrafında Hristiyanlar, Budistler, Müslümanlar, animistik inançlara sahip olan bir çok insan bulunmaktaydı. Bir çok zamanlar çeşitli dinlerden din adamlarını çağırarak inançları hakkında sohbetler yapıyordu. Yaşlılığında Taocu Qiu Chuji'yı karargahına çağırarak, ölümsüzlük ve felsefe hakkında konuştuğu da biliniyor.

Ok, yay ve at ile birlikte Moğolların en önemli silahlarından biri de kurdukları iletişim ağıydı. Cengiz Kağan'ın yaptığı ilk düzenlemelerden biri "Yam" adı veirlen bir yerleşik kurye sistemini kurmaktı. Orta çağ dönemi için hayli etkili olan bu teşkilatta belirli yerlerde atların bulunduğu haneler kuruluyordu. Herhangi bir devlet görevlisi bu noktalarda atını değiştirerek, güçlü ve dinlenmiş atlarla kimi zaman günde 320 kilometre yol katedebiliyordu. Sistemin tek faydası mal ve bilgiyi daha önce eşi benzeri görülmemiş bir hızla imparatorluk içinde dolaştırması değildi aynı zamanda Kağan'ın gözü ve kulakları olarak çok önemli bir istihbari bilgi kaynağıydı. Yam sayesinde Kağan imparatorluğunda yaşananları hızlı bir şekilde takip ediyor, ajanları ve gözcüleriyle askeri ve politik gelişmeleri çok hızlı bir şekilde öğreniyordu. Yam sistemi aynı zamanda uluslararas elçi ve tacirleri de korumaktaydı. Ünlü Marko Polo bu sistem sayesinde daha sonraki yıllarda Moğol topraklarında güvenlik içerisinde dolaşabildi.