Kendi dönemindeki bir çok imparatorluğun aksine Cengiz Kağan din konusunda özgürlükçü bir insandı. Herkesin din ve vicdan özgürlüğünü koruyan yasalar çıkartmanın yanı sıra, ibadet yerlerine de vergi istisnası getirtti. Kağan'ın bu politikasının bir sebebi belki kendi halkını mutlu tutmasının toplumların isyan etmesini engelleyeceğini düşünmesi ise, diğer sebebi Moğol toplumunun her zaman din konusunda aşırı derecede liberal olmasıdır. Her ne kadar Cengiz Kağan şaman inancına sahip olsa da, etrafında Hristiyanlar, Budistler, Müslümanlar, animistik inançlara sahip olan bir çok insan bulunmaktaydı. Bir çok zamanlar çeşitli dinlerden din adamlarını çağırarak inançları hakkında sohbetler yapıyordu. Yaşlılığında Taocu Qiu Chuji'yı karargahına çağırarak, ölümsüzlük ve felsefe hakkında konuştuğu da biliniyor.

Ok, yay ve at ile birlikte Moğolların en önemli silahlarından biri de kurdukları iletişim ağıydı. Cengiz Kağan'ın yaptığı ilk düzenlemelerden biri "Yam" adı veirlen bir yerleşik kurye sistemini kurmaktı. Orta çağ dönemi için hayli etkili olan bu teşkilatta belirli yerlerde atların bulunduğu haneler kuruluyordu. Herhangi bir devlet görevlisi bu noktalarda atını değiştirerek, güçlü ve dinlenmiş atlarla kimi zaman günde 320 kilometre yol katedebiliyordu. Sistemin tek faydası mal ve bilgiyi daha önce eşi benzeri görülmemiş bir hızla imparatorluk içinde dolaştırması değildi aynı zamanda Kağan'ın gözü ve kulakları olarak çok önemli bir istihbari bilgi kaynağıydı. Yam sayesinde Kağan imparatorluğunda yaşananları hızlı bir şekilde takip ediyor, ajanları ve gözcüleriyle askeri ve politik gelişmeleri çok hızlı bir şekilde öğreniyordu. Yam sistemi aynı zamanda uluslararas elçi ve tacirleri de korumaktaydı. Ünlü Marko Polo bu sistem sayesinde daha sonraki yıllarda Moğol topraklarında güvenlik içerisinde dolaşabildi.

Cengiz Kağan'ın hayatını kaplayan bütün gizemlere ek olarak Kağan'ın nasıl öldüğü da belli değil. En sık anlatılan hikayeye göre kendisi 1227 yılında attan düşerek yaralandı ve bu nedenle hayatını kaybetti. Ancak bazı başka kaynaklar kendisinin sıtmadan veya dizine gelen bir oktan öldüğünü de ifade ediyor. Hatta bir kaynakta kendisinin Çinli bir prensesle beraber olmaya çalışırken öldürülmüş olabileceği de iddia ediliyor. Hayatını nasıl kaybetmiş olursa olsun Cengiz Kağan mezarının gizli kalması için çok uğraştı. Efsaneye göre Cengiz Kağan'ın vasiyeti doğrultusunda atlarla mezarının üzerinden defalarca geçilerek toprakta herhangi bir iz kalmaması sağlandı ve daha sonra mezarını gören herkes öldürüldü. Mezarın büyük ihtimalle Moğolistan'da bulunan Burhan Haldun Dağı'nın etrafında olduğu söyleniyorsa da bugüne kadar tam yeri tespit edilemedi.