Doktorasının ardından İstanbul'a taşındı ve Şehrin Aynaları'nı (1999) yazdı. Bir süre İstanbul Bilgi Üniversitesi'nde "Türkiye ve Kültürel Kimlikler", "Kadın ve Edebiyat" konularında dersler verdi.

Elif Şafak, 2000 yılında Türkiye Yazarlar Birliği Ödülü'nü kazanan Mahrem romanı ile geniş okur kesimi tarafından tanındı. Bunu iki yıl ara ile yayımlanan Bit Palas (2002) ve İngilizce olarak yazdığı Araf (2004) adlı kitapları izledi.

2000 yılında Türkiye Yazarlar Birliği Ödülü'nü kazanan Mahrem romanı ile geniş okur kesimi tarafından tanındı. Sanatçılara verilen bir bursla doktora sonrası çalışması için ABD'ye giden Elif Şafak, çeşitli üniversitelerde dersler vermiştir. 2003-2004 akademik yılı boyunca Michigan Üniversitesi'nde yardımcı doçent olarak bulundu ve ders verdi. Ardından Arizona Üniversitesi Yakın Doğu Araştırmaları bölümünde yardımcı doçent olarak görev yaptı. "Edebiyat ve Sürgün", "Bellek ve Politika ", "Müslüman Dünya 'da Cinsellik ve Toplumsal Cinsiyet" konulu dersler verdi.

2005'te Med Cezir adlı kitabında kadın, kimlik, kültürel bölünme, dil ve edebiyat hakkında yazılarını bir araya getirdi. Aynı yıl Referans Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Eyüp Can Sağlık ile Berlin'de evlendi.