Doktora tezi, "Türk Modernleşmesinin Kadın Prototipleri ve Marjinaliteye Tahammül Sınırları" başlığını taşıyordu. Elif Şafak'ın İslamiyet, kadın ve mistisizm hakkındaki yüksek lisans tezi Sosyal Bilimler Derneği tarafından ödüllendirildi.

Yüksek lisans çalışması sırasında Kem Gözlere Anadolu (1994) adlı öykü kitabını ve ilk romanı Pinhan'ı (1997) yayımladı. Bu eserle Kombassan Vakfı tarafından verilen 1998 Mevlana Büyük Ödülü'nü kazandı.

Doktorasının ardından İstanbul'a taşındı ve Şehrin Aynaları'nı (1999) yazdı. Bir süre İstanbul Bilgi Üniversitesi'nde "Türkiye ve Kültürel Kimlikler", "Kadın ve Edebiyat" konularında dersler verdi.

Elif Şafak, 2000 yılında Türkiye Yazarlar Birliği Ödülü'nü kazanan Mahrem romanı ile geniş okur kesimi tarafından tanındı. Bunu iki yıl ara ile yayımlanan Bit Palas (2002) ve İngilizce olarak yazdığı Araf (2004) adlı kitapları izledi.