Elif Şafak, ortaokulu annesinin görev yaptığı Madrid'de, liseyi Ankara Atatürk Anadolu Lisesi'nde tamamladıktan sonra, ODTÜ Uluslararası İlişkiler Bölümünü bitirdi. Yüksek lisansını aynı üniversitede Kadın Çalışmaları Bölümünde yaptı. "Bektaşi ve Mevlevi Düşüncesinde Döngüsel Evren ve Kadınsılık Anlayışı" üzerine master tezinin ardından; ODTÜ Siyaset Bilimi bölümünde doktorasını tamamladı.

Doktora tezi, "Türk Modernleşmesinin Kadın Prototipleri ve Marjinaliteye Tahammül Sınırları" başlığını taşıyordu. Elif Şafak'ın İslamiyet, kadın ve mistisizm hakkındaki yüksek lisans tezi Sosyal Bilimler Derneği tarafından ödüllendirildi.

Yüksek lisans çalışması sırasında Kem Gözlere Anadolu (1994) adlı öykü kitabını ve ilk romanı Pinhan'ı (1997) yayımladı. Bu eserle Kombassan Vakfı tarafından verilen 1998 Mevlana Büyük Ödülü'nü kazandı.

Doktorasının ardından İstanbul'a taşındı ve Şehrin Aynaları'nı (1999) yazdı. Bir süre İstanbul Bilgi Üniversitesi'nde "Türkiye ve Kültürel Kimlikler", "Kadın ve Edebiyat" konularında dersler verdi.