2005'te Med Cezir adlı kitabında kadın, kimlik, kültürel bölünme, dil ve edebiyat hakkında yazılarını bir araya getirdi. Aynı yıl Referans Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Eyüp Can Sağlık ile Berlin'de evlendi.

Doğum sonrası yaşadığı depresyonu, İngilizce olarak kaleme aldığı Siyah Süt adlı otobiyografik romanda anlattı. İki yıl sonra oğlu Emir Zahir'i dünyaya getirerek ikinci kez anne oldu. 2009 yılının Mart ayında yayımlanan AŞK isimli roman, Türk edebiyat tarihinin en kısa sürede en çok satan edebi eseri ünvanını aldı.

2011 yılında Doğan Kitaptan "İskender" isimli eseri piyasaya çıkmıştır. Kitabın kapak resminde, makyajla erkek haline gelen Elif Şafak'ın kendi fotoğrafı vardır.

Sanatçı, Türkiye'de çeşitli günlük ve aylık yayınlarda yazmaya devam etmektedir. Mimar Sinan'ın yanında çırak olan birinin gözünden Osmanlı'yı anlattığı son romanı Ustam ve Ben 2013 yılında yayımlandı.