Ferhat Göçer 3 kez evlenen ünlü isimlerden. Tıp fakültesinde okurken Ferhat Göçer ilk evliliği şuan Doçent olan Berna Hocaoğlu ile yaptı. Ferhat Göçer'in ilk evliliğinden Yağmur Göçer adlı bir kızı oldu. 

Ancak ünlüler alemine katılmak Ferhat Göçer'in Berna Hocaoğlu ile olan ilişkisini bozdu. Berna Hocaoğlu'nun verdiği röportajlardaki bilgilere göre ilişkiyi bitiren Ferhat Göçer'in başka insanlarla birlikte olmasıydı. Berna Hocaoğlu bir kaç kez aldatıldığını da itiraf etmişti. 

İşte Ferhat Göçer'in ilk eşi Berna Hocaoğlu. Enfeksiyon Hastalıkları Uzmanı olan Berna Hocaoğlu aynı zamanda özel bir hastanede yönetici. Çocuk istismarıyla mücadele eden Başlangıç Derneği'nin de kurucu başkanlarından. Berna Hocaoğlu'nun Ferhat Göçer ile olan evliliğinden Yağmur Göçer adlı bir kızı var. 

Gelelim Ferhat Göçer'in diğer eşine. Ferhat Göçer son evliliği AÇEV Vakfı Başkanı Ayla Göksel ile yapmıştı. Halen aynı vakfın başkanlığını yürüten Ayla Göksel aynı zamanda Özyeğin Üniversitesi Mütevelli Heyeti'nde. Ayla Göksel, İİngiltere’de Bath Üniversitesi’nde Ekonomi ve Politika lisans eğitimini tamamladıktan sonra, London School of Economics’te Kalkınma Ekonomisi alanında lisansüstü derecesini aldı. John Hopkins Üniversitesi ve Harvard Üniversitesi’nde burslu olarak sivil toplum üzerine araştırma çalışmalarında bulundu. Ayla Göksel'in Ferhat Göçer'le olan evliğinden Can adında bir oğlu var.